A Református Kollégiumhoz tartozó Nagykönyvtár a maga félmilliós állományával a hazai református egyház legnagyobb fennmaradt gyűjteményét őrzi, ezen kívül itt alakult ki a 17. század végén a legönállóbb hazai könyvkötészeti stílus is. Egyes kötetei és írásos emlékei Európában és a világon egyaránt egyedülálló ritkaságoknak számítanak. A szöveggyűjtemény részét képezi többek között 39, az 1300-as és 1500-as években pergamenre írt kódex; 146, az 1500-as években kiadott, úgynevezett ősnyomtatvány; 114, a világon egyetlen példányban fennmaradt mű, valamint 1600, a magyar irodalom 1700 előtti emlékeiből fennmaradt kuriózum.
Nem szabad figyelmen kívül hagyni az iskola egykori diákjai – Ady Endre, Csokonai Vitéz Mihály, Arany János, Kölcsey Ferenc – után megőrzött kéziratokat sem, amelyek ugyancsak a gyűjteményt gazdagítják. A legértékesebb darabok mégis Nicolaus Germanusz 1450 és 1470 tájáról megmentett kéziratos térképlapjai és Méliusz Juhász Péter első magyar növénytana, a Herbárium 1578-ból.