Die Universität Debrecen kam - wie auch andere integrierte Hochschulen des Landes - am 1. Januar 2000 durch die Vereinigung (bzw. Wiedervereinigung) von bisher selbständigen Hochschulinstitutionen als deren Rechtsnachfolge zustande.
Die historischen Wurzeln reichen bis zur Gründung des Reformierten Kollegiums zu Debrecen (1538) zurück, aufgrund des Gesetzes XXXVI vom Jahr 1912 kam die Ungarische Königliche Universität zu Debrecen auf der Basis der drei akademischen Bereiche des Kollegiums zustande. Mit dieser Vergangenheit, die ohne Unterbrechung vier und halb Jahrhunderte umfasst, stellt die Universität Debrecen heute die älteste Hochschule des Landes dar, die kontinuierlich in derselben Stadt tätig war. Das Hochschulwesen im Agrarbereich fing in Debrecen im Jahre 1868 mit der Gründung der Debrecener Oberen Lehranstalt der Wirtschaft an. Die Universität gilt mit 19000 Direktstudenten und einer Gesamtstudentenzahl von 20000 und mit mehr als 1400 Dozenten als eine der größten Hochschulinstitution des Landes, landesweit betrachtet bietet sie aber mit 15 Fakultäten und 23 Doktorschulen zweifellos die breiteste Ausbildungs- und Forschungspalette (beide Zahlen sind nämlich Höchstwerte in der eigenen Kategorie).