Az első Füvészkert a híres Magyar Füvészkönyv szerzőinek, Diószegi Sámuelnek és Fazekas Mihálynak a munkássága nyomán jött létre. A kert a Református Kollégium felügyelete alatt állt, a természettudományos képzést szolgálta.

Az első világháború után elhanyagolták, majd áttelepítették a Nagyerdő területére, ahol 17 hektárt biztosítottak neki.

A növények és a bemutatóterület rendszerezése mellett utakat, sziklakertet és vízvezeték-hálózatot alakítottak ki, hogy minél nagyobb legyen a bemutatható növényfajok száma, ezen kívül felépült az első üvegház és teleltető, valamint egy bebetonozott fenekű tó is.

A Botanikus kert célja és feladata ugyanaz maradt, ami a kezdetekkor is volt: oktatás, kutatás, ismeretterjesztés. E szempontok tekintetében méltó követője Debrecen természettudományos múltjának.